这项研究通过综合分析相关文献，阐述了肠道噬菌体与细菌的相互作用关系，以及它们在多种人类疾病发生发展中的作用，并探讨了噬菌体在疾病治疗中的应用。

噬菌体与细菌的相互作用及对疾病的影响：研究发现，噬菌体可通过特异性裂解、水平基因转移等方式影响肠道菌群，而细菌也有多种防御噬菌体的机制，二者在肠道中持续共存。同时，肠道噬菌体可通过调节细菌代谢和引发免疫反应，在多种疾病如结肠炎、结直肠癌、酒精性肝病等的发生发展中发挥作用。

噬菌体在疾病治疗中的应用及局限：噬菌体在疾病治疗方面具有应用潜力，如制成噬菌体鸡尾酒用于抗菌治疗、开发成疫苗增强免疫反应、进行模块交换或基因编辑以改善抗菌效果，还能靶向递送治疗药物。但噬菌体治疗也存在局限性，如并非所有噬菌体都适合治疗，其制剂存在安全性和评价困难等问题，对人体免疫系统的影响也不明确。